En sus más de 3.000 m² de exposición, el museo muestra la vida marina y la relación del hombre y la mar a lo largo de la historia. Su colección comenzó a reunirse en el s. XVIII para, más adelante, aumentar gracias a la colaboración de importantes colectivos.
El tamaño de la colección y su diversidad permiten dividir la exposición marina en cuatro secciones: ‘La vida en la mar’ (Naturaleza-Biología Marina), ‘Pescadores y pesquerías’ (Etnografía Pesquera), ‘El Cantábrico y la mar en la historia’ (Historia marítima) y ‘Vanguardia tecnológica frente a la mar’ (Tecnología marítima).
Entre otros espacios, destaca su gran acuario del que podemos disfrutar desde una pequeña grada. Grandes especies marinas son protagonistas de este espacio natural que se completa con acuarios de menor tamaño en los que podremos admirar con detalle llamativos peces.
El acceso al museo se realiza por la fachada Este a través de la plaza de los Calafates, de la que emerge el lucernario por donde entra la luz natural al gran tanque de los acuarios marinos, situados en la planta semisótano.
