Sur plus de 3 000 m² d'espace d'exposition, le musée présente la vie marine et la relation entre l'homme et la mer à travers l'histoire. Sa collection a commencé à être rassemblée au XVIII siècle et s'est ensuite enrichie grâce à la collaboration d'importants groupes.
L'importance de la collection et sa diversité permettent de diviser l'exposition marine en quatre sections: "La vie en mer" (Nature-Biologie marine), "Pêcheurs et pêcheries" (Ethnographie de la pêche), "Le golfe de Gascogne et la mer dans l'histoire" (Histoire maritime) et "L'avant-garde technologique face à la mer" (Technologie maritime).
Parmi d'autres espaces, il se distingue par son grand aquarium, que l'on peut admirer depuis une petite zone de sièges en gradins. Les grandes espèces marines sont les protagonistes de cet espace naturel, qui est complété par des aquariums plus petits dans lesquels on peut admirer en détail des poissons remarquables.
L'accès au musée se fait par la façade est, via la place des Calafates, d'où émerge le puits de lumière par lequel la lumière naturelle pénètre dans le grand aquarium marin, situé au demi-sous-sol.
