La historia de Santander se remonta al siglo I de nuestra era, fecha de la que datan los restos arqueológicos romanos encontrados en la ciudad. Sin embargo, son muchos los historiadores quienes retroceden hasta el año 26 a.C cuando, durante las Guerras Cántabras contra Roma, el emperador Augusto quiso dejar constancia de su voluntad de victoria sobre los cántabros en el Portus Victoriae (Puerto de la Victoria).
El primer rastro documental de Santander aparece en el privilegio concedido por Sancho II al monasterio de San Emeterio en 1068, de cuyo nombre latino, Sancti Emeterii, parece ser que procede el actual nombre de la ciudad.
Más adelante, Santander se constituía como villa de abadengo y, en 1187, le fue concedido fuero por Alfonso VIII. Además, Santander formaba parte de las Cuatro villas de la Mar junto a San Vicente, Laredo y Castro Urdiales y de sus astilleros salieron los barcos que abastecían la flota del Reino de Castilla. Un triunfo destacado de la marina santanderina fue la toma de Sevilla en 1248.
En el siglo XIII, la villa de Santander se articulaba ya en torno a dos núcleos: la Puebla Vieja, en la que sobresalían el castillo y la abadía-colegiata (zona actual de la Catedral y calle Alta), y la Puebla Nueva (zona de las calles Santa Clara y San Francisco), ambas unidas por un puente y entre ellas se situaría el edificio de las Atarazanas. Sin embargo, su expansión recibiría un fuerte revés: una epidemia de peste asoló a la ciudad en 1497. Durante años, Santander sufrió los efectos de la despoblación y la peste. Afortunadamente, la apertura del camino de Reinosa en 1753 inicia un importante comercio de lanas y harinas castellanas sobre todo a partir de 1765, cuando el puerto de Santander es habilitado para comerciar con las colonias americanas. Paralelamente, la villa experimentará una transformación institucional: en 1754 es elegida sede de la diócesis santanderina y en 1755, el rey Fernando VI le otorga el título de ciudad. A partir de este momento, Santander fue adquiriendo una condición preponderante sobre el resto del espacio regional, convirtiéndose en capital del territorio en 1801 con la creación de la Provincia Marítima de Santander.
El siglo XIX es la época de la verdadera expansión urbana de Santander. Aunque a comienzos de siglo la ciudad sufrió la invasión napoleónica, epidemias y crisis coloniales, el progreso no cesó. El auge del comercio de harinas junto a la importación de productos coloniales, favoreció el establecimiento de la vía férrea entre Alar del Rey y Santander. El puerto de Santander tenía tanto tráfico que incluso se referían a él como el Liverpool de España. Sin embargo, esta expansión se vio truncada por la explosión en los muelles del buque Cabo Machichaco en 1893, causando 500 muertos y miles de heridos.
En el último tercio del siglo XIX, la ciudad comienza a configurarse como un destino turístico y de ocio, coincidiendo con la promoción de los Baños de Ola gracias a sus propiedades terapéuticas.
En el verano de 1861, la reina Isabel II decidió pasar unos días en las playas de El Sardinero y, en agradecimiento, el Ayuntamiento le regaló la finca «Alfonsina» con el fin de que estableciera en Santander su residencia estival. Sin embargo, este proyecto no siguió adelante por cuestiones políticas, pero fue retomado con la figura de Alfonso XIII. Así, la ciudad regaló al monarca los terrenos de la Península de la Magdalena y el palacio con el mismo nombre, cuya obra finalizó en 1912 y al año siguiente comenzó a veranear en él la familia real hasta 1930. Su edificación impulsó la construcción de algunos de los edificios más emblemáticos como el Gran Casino inaugurado en 1916, el Hotel Real también inaugurado en ese mismo año o el Hipódromo de Bellavista en 1917.
En 1932 se constituye la Universidad de Verano, la actual Universidad Internacional Menéndez Pelayo (UIMP).
Durante los primeros veranos se organizaban numerosos cursos sobre los temas más importantes de la época, así como cursos sobre lengua y literatura españolas para extranjeros. La universidad fue experimentando poco a poco un crecimiento exponencial que hizo que fuera necesario la creación de un campus universitario, por ello, se construyeron diversos edificios en Las Llamas con aulas dedicadas a la docencia y una residencia para estudiantes extranjeros.
Más adelante, en 1941, los santanderinos tuvieron que enfrentarse a un incendio que asoló la capital cántabra dejándola prácticamente reducida a cenizas.
Uno de los mayores siniestros que ha sufrido Santander a lo largo de su historia. Comenzó el 15 de febrero y en menos de 48 horas arrasó el centro histórico de la ciudad. Gracias al trabajo y esfuerzo de todos los santanderinos, las llamas quedaron atrás y Santander se convirtió en lo que hoy en día es, la novia del mar.
Otra fecha destacada es la de 1983, año en el que Santander pasa a convertirse de forma oficial en la capital de Cantabria, constituida como Comunidad Autónoma ese mismo año.
Actualmente, Santander vive un momento de cambio y evolución gracias a la creación de nuevos proyectos como el Centro Botín, un espacio cultural impulsado desde el ámbito privado inaugurado el 23 de junio de 2017, o el Anillo Cultural del centro de la ciudad que recorre los principales puntos culturales de la ciudad.
Además, en julio de 2021 se ha inaugurado la colección ENAIRE de arte contemporáneo en las Naves de Gamazo y próximamente el MUPAC se mudará a su nueva sede en Puerto Chico.
De esta manera, la capital cántabra ha logrado reinventarse y transformarse en una ciudad de gran atractivo no solo turístico sino también comercial y administrativo, posicionándose como uno de los centros de cultura y ocio más importantes de la Cornisa Cantábrica.