À l'intérieur de l'église du Santísimo Cristo, dans la partie inférieure du complexe de la cathédrale, on trouve des vestiges de la colonie romaine qui a fondé la ville de Santander, notamment des thermes et des fortifications. D'autres vestiges correspondent à des rues, des réseaux d'égouts et des fondations d'édifices religieux antérieurs à l'actuelle église du Christ.
Dans les années 1980, Joaquín González Echegaray a entrepris des travaux de restauration et de récupération dans cette zone. Ces travaux ont permis de découvrir les vestiges des thermes et les preuves d'au moins cinq périodes d'occupation, du Ier siècle après J.-C. au XIIIe siècle, époque à laquelle l'édifice actuel a été érigé.
Les vestiges de ces installations thermales consistent en un hypocauste avec au moins neuf couloirs et un praefurnium en pierre de taille. Il est évident que ce système de chauffage conçu par les Romains était destiné à une installation thermale, car il comprend un opus signinum hydrofuge.
La chambre des fours est également particulièrement importante car c'est là que les têtes des martyrs Emeterio et Celedonio étaient conservées au Moyen-Âge et autour desquelles les églises successives ont été construites.
L'emplacement de ces vestiges témoigne non seulement de la romanisation de la Cantabrie, mais aussi de l'importance historique du Cerro de Somorrostro.